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要关闭拼多多商家版的短信自动扣款功能，可以按照以下步骤操作。
1、登录拼多多商家版账户：使用您的账号与密码登录拼多多商家版后台。
2、进入账户管理：在后台首页找到“账户资金”或“账户管理”选项，点击进入。
3、找到自动扣款选项：在账户资金或账户管理页面，寻找与“短信自动扣款”或“自动续费”相关的选项。
4、关闭自动扣款：点击相关选项，然后根据页面提示进行关闭或取消自动扣款的操作，可能需要您关闭某项服务或取消订阅。
5、验证操作：完成上述操作后，建议返回主页或相关页面查看是否已成功关闭短信自动扣款功能。
6、联系方式（如仍需手动充值等）：即使关闭了自动扣款，有时为了店铺的正常运营，可能仍需要手动进行某些支付操作，请确保您了解并知道如何进行这些操作。
如果您在操作过程中遇到任何困难或疑问，建议联系拼多多的官方客服以获得帮助，确保在关闭自动扣款功能之前了解所有的细节和后果，以确保您的店铺运营不受影响。